根据病史、临床表现及实验室检查做出诊断。

　　实验室诊断可取鼻咽部、气管抽吸液及肺活检标本作衣原体培养、抗原检测和PCR检测。血清抗衣原体抗体滴度，可有助于急性感染的诊断。用微量免疫荧光法或酶免疫法测定抗衣原体的IgM，如>1∶32则高度提示衣原体肺炎。如实验室检查条件有限，可根据可疑临床表现，结合胸片、血嗜酸性粒细胞计数、血清IgG、IgM检查，必要时做细菌培养以排除其他感染，即可做出本病的诊断。

　　衣原体肺炎应与其他病原体引起的肺炎鉴别。如呼吸道合胞病毒、巨细胞病毒、腺病毒和流感病毒等，导致的非发热性肺炎；链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希杆菌、克雷白杆菌、流感杆菌、肺炎球菌和脑膜炎球菌等导致的肺炎、结核等。