藏毛囊肿无继发感染时可无症状，通常主要和首发症状是在骶尾部发生急性脓肿。和其他部位软组织脓肿相似，局部有红、肿、热、痛等急性炎症，多自动穿破流出脓汁或经外科手术引流后炎症消退，引流口可以完全闭合，但多数表现为反复发作或经常流水而形成窦道或瘘管。

　　原发的管道多在骶尾部中线，其内壁是鳞状上皮，管道在皮下延伸一段距离，一般长约2～3cm，可能有小脓腔，或从原发管道有小的支管分出，脓腔和支管内壁多为肉芽组织，常见到有与周围皮肤不相连的毛发从窦口长出。藏毛腔位于中线，多数呈直线方位，长约1～15cm，腔壁由坚韧纤维组织形成。继发管道可以从主腔分出至皮下组织，常有分泌溢于皮肤表面，多自旁侧头向延伸，少数亦可向肛门延伸，从而易与常见的肛周瘘管相混淆。