沙眼衣原体新生儿肺炎主要见于2～12周新生儿及婴儿，大多数无发热，起始症状通常是鼻炎、伴鼻腔黏液性分泌物和鼻塞。随后发展为断续的咳嗽，呼吸急促，可闻及肺部啰音，可伴有心肌炎和胸腔积液。半数患儿可伴有急性包涵体性结膜炎。成人免疫抑制患者可见咽炎、支气管炎和肺炎等呼吸道感染，可有干咳、发热、肌痛、寒战、咯血和胸痛。肺部X线显示为间质浸润，亦可见支气管肺炎或网状、结节样阴影。