对于脱肛的病因，目前有两种学术的观点。一种直肠粘膜脱垂说法是滑动性疝学说。另一种直肠粘膜脱垂的说法是肠套叠学说。
专家介绍说，直肠粘膜脱垂的病因主要是和胃窦部炎症有关系的，胃粘膜恶性细胞浸润也可发生本病。当胃窦部炎症时，粘膜下结缔组织较松，胃粘膜和粘膜下层增生，如胃窦蠕动增强，则粘膜皱襞很易被送入幽门，形成胃粘膜脱垂。一切能引起胃剧烈蠕动的因素，如精神紧张、烟酒、咖啡刺激等均为直肠粘膜脱垂的病因。下面就详细的介绍下直肠脱垂的病因的二种学术观点。
其一，滑动性疝学说。认为病人的直肠与子宫(男性为膀胱)之间所形成的凹陷过深，当腹内的压力增加时，直肠前壁承受不了这种压力，就会向直肠壶腹部内陷，长期如此，直肠就会向肛门外脱出，形成一个起始于直肠子宫(或膀胱)的凹陷，脱出在肛门外的直肠由直肠前壁构成疝囊，这种脱出主要是直肠前壁，能形成严重的直肠脱垂。
其二，肠套叠学说。认为直肠脱垂是因为直肠与乙状结肠之间的固定处，由于某种原因受了损伤，在腹内压力持续增加时，上部直肠与部分乙状结肠就会从这个固定处向下部直肠壶腹套叠，直到脱出肛门外，形成直肠前壁和后壁长度相等，肠腔位于中央的直肠脱垂。
长期以来，对于直肠粘膜脱垂的形成机制存在着争论。有专家认为滑动性疝学说和肠套叠学说两者基本上是一回事只不过是程度上的不同，滑动性疝型也可以说是一种肠套叠，只是未影响到整圈肠壁。
