1.慢性细菌感染 多次粪便常规及培养有阳性发现，以及充分有效地抗生素系统性治疗，症状改善明显，可明确诊断。
2.慢性阿米巴痢疾 多次大便找阿米巴及甲硝唑试验治疗可明确诊断。
3.血吸虫感染 血吸虫疫区病人可作乙状镜检查，取直肠黏膜找血吸虫卵，或用粪便孵化法和其他方法加以鉴别。
4.吸收不良综合征 有腹泻，但大便中常有脂肪和未消化食物。
5.肠肿瘤 小肠的良性小肿瘤可发生腹泻和间歇性发作的部分肠梗阻。结肠肿瘤也可以出现类似肠道功能性疾病的症状。特别是对老年人应注意。可进行X线钡剂造影检查或结肠镜检查以明确诊断。
6.溃疡性结肠炎 有发热、脓血便等异常表现。经X线钡剂造影或结肠镜检查可以鉴别。
7.克罗恩病 常有发热、贫血、虚弱等全身症状。X线钡剂造影或结肠镜检查即可鉴别。
8.乳糖酶缺乏 乳糖耐量试验可以鉴别。乳糖酶缺乏有先天和后天之分。临床表现为吃乳制品后有严重的腹泻，大便含有大量泡沫和乳糖、乳酸。食物中去掉牛奶或奶制品，症状即可改善。酸牛奶经乳酸菌将乳糖分解，可供这类病人食用。
9.胃肠道内分泌肿瘤 促胃液素瘤可出现严重的腹泻和顽固的溃疡病，血清促胃液素水平极高，一般治疗无效。血管活性肠肽瘤(Vipoma)也引起严重腹泻;血清VIP水平增高。
10.甲状腺疾病 甲状腺功能亢进可出现腹泻。甲状旁腺功能亢进可出现便秘。可作甲状腺、甲状旁腺功能检查以进行鉴别。
