1.中毒性肠麻痹 当原发病为腹泻或败血症时，甚易把NEC误诊为中毒性肠麻痹。但中毒性肠麻痹无便血，X线片上无肠壁间积气等。
2.机械性小肠梗阻 X线腹片上，液面的跨度较大，肠壁较薄，无肠间隙增宽、模糊，无肠壁积气，再结合临床则易区别。
3.肠扭转 肠扭转时机械性肠梗阻症状重，呕吐频繁，腹部X线平片示十二指肠梗阻影像，腹部密度均匀增深，并存在不规则多形气体影，无明显充气扩张的肠曲。
4.先天性巨结肠 早期NEC表现为小肠大肠普遍胀气时应与先天性巨结肠鉴别。后者以腹胀、排便困难为主，无血便。X线动态观察腹部变化无肠壁积气征，结合临床较易鉴别。
5.新生儿出血症 生后2～5天可以出现胃肠道出血为主表现，需鉴别。新生儿出血症有生后未给予维生素K注射史，腹部不胀，腹部X线平片无肠腔充气和肠壁积气，维生素K治疗有效。
6.胎粪性腹膜炎 个别病例的腹部X线平片偶可见散在小囊泡样肠壁积气影，但可有典型的异常钙化影，再结合临床不难鉴别。
7.自发性胃穿孔 多由于先天性胃壁肌层缺损引起，常发生于胃大弯近贲门处，大部病儿出生时有缺氧史。发病突然，生后3～5天突然进行性腹胀，伴呕吐、呼吸困难和发绀，X线平片腹部仅见气腹，无肠壁积气或肠管胀气。
