气道和食管之间的瘘管常有以下症状，需要注意鉴别。
1.羊水过多：本病常伴母亲妊娠羊水过多。Cudmore报道85%无瘘型和32%有瘘型食管闭锁合并母亲羊水过多。北京儿童医院1955～1981年119例Ⅲ型中43例(36.1%)，13例I型中8例(61.5%)合并羊水过多。
2.低体重：1993年美国有报告34%体重低于2.5kg。北京儿童医院1981年统计约1/3病例出生体重小于2.5kg，但只约1/4病例为早产儿。
3.伴发畸形：本病可伴发多种畸形。有人以VACTERL来概括，即椎体(vertebral)、肛门(anal)、心脏(cardial)、气管食管(tracheo-asophageal)、肾脏(renal)和肢体(limb)。外国统计以心血管畸形最常见(23.6%～37%)，泌尿系统约占20%。北京儿童医院病例统计中12%合并直肠肛门畸形、其次为脊柱及四肢畸形，各占8.1%。该院1981年统计210例中有59畸形，包括半椎体、直肠肛门闭锁、无肛伴直肠前庭瘘、会阴瘘或尿道瘘、处女膜闭锁、右位心、室间隔缺损、腹主动脉狭窄、右肺缺如、马蹄肾、马蹄内翻足、赘生拇、I掌指关节脱臼、十二指肠梗阻、环状胰腺、副脾、巨结肠、双侧十三肋、脊膜膨出、斜颈及外耳畸形。畸形的广泛性证明了Stephens关于食管闭锁合并畸形是由于妊娠4周时间叶组织普遍受损所致的理论。当前，在我国合并畸形的种类和严重程度明显地影响家长对治疗的态度、治愈率和对食管闭锁疗效的评估。
4.呼吸困难：由于食管闭锁、吞咽唾液和奶汁受阻致反流误吸，生后早期引起肺炎和肺不张。在常见的Ⅲ型中高酸度胃液经瘘管逆入呼吸道更加重肺部损害。此外，常伴发食管壁肌肉运动不协调、蠕动减弱和宫内扩张的近端食管长期压迫而致气管软化均可影响呼吸功能，使症状加重。
典型的表现是生后窒息，Apgar评分低。生后早期自口鼻涌现白色泡沫状唾液。第一次喂养时即出现明显呛咳。患儿呼吸困难，鼻扇、口周及面色发绀。当充分吸尽近端食管盲端内的奶汁或黄橙色较稠厚粘液后，上述症状能较快好转。不久，症状又复现。生后数日内合并肺炎并迅速加重，短期内死亡。
5.其他症状如脱水、胎便排出后无正常黄色大便等。合并畸形症状有时也很明显，如先天性心脏病时的青紫、直肠肛门畸形时严重腹胀等。
食管闭锁或合并气管食管瘘者原则上应尽早手术治疗，但应据Waterstone1962年推荐、目前已被国际上普遍采用的标准分组，并认真做好术前准备后实施。
