肠痉挛依据是反复发作，而在发作间期缺乏腹部异常体征。过去发作史对诊断有帮助。而重要的是须先除外器质性疾患。特别是容易和多数外科急腹症相混淆，应注意鉴别。常见病如胆道蛔虫病、蛔虫团肠梗阻、阑尾炎、肠套叠，以及较少见的肠扭转、肠穿孔、胰腺炎、嵌顿性疝、先天性肠旋转不良、胆道痉挛、胆囊炎、肾结石、小型胆总管囊肿腹痛及回肠远端憩室腹痛等，均应认真鉴别，作必要的检查。有的内科疾病也可引起较重的腹痛，如大叶肺炎起病时，急性心力衰竭导致肝脏迅速增大时等。如小儿不合作，检查不满意时，可适当应用镇静剂，待其入睡后仔细检查其腹部，并听诊心、肺。过敏性紫癜的腹痛实际也是过敏性肠痉挛，如同时出现皮疹，可与单纯的肠痉挛区别，但须注意紫癜的肠痉挛有时可继发肠套叠，不可忽略。还要注意有些小婴儿肠痉挛反复发作几天后，可突然发展为肠套叠。偶见腹型破伤风，临床表现为痉挛性腹痛，但系腹肌痉挛而非肠痉挛，其治疗与预后和肠痉挛完全不同，更需注意。腹型癫痫表现为突然发作腹部绞痛，多在脐周，有时在其他部位，持续数分钟至数小时，反复发作较少，腹部检查正常，而脑电图有癫痫改变。屡次腹部检查无固定压痛与肿物，反复大便检查无虫卵及潜血，胸部心肺听诊无异常，必要的心电图、脑电图检查无异常发现，X线胸腹部检查无异常时也要考虑其他原因。如婴儿期啼哭不止可能是由于饥饿、尿布沾满大小便而感不适，或身体其他部位不适以及要人抱等非疼痛原因，有时腹痛为精神因素引起，如受精神创伤、以及惊恐等。
