胃溃疡的诊断必须与胃及胃外许多疾病相鉴别。
1.功能性消化不良通常有消化不良综合征，如反酸、嗳气、恶心、上腹饱胀不适，但胃镜和钡餐检查多无阳性发现，属功能性。
2.慢性胃、十二指肠炎有慢性无规律性上腹痛，胃镜可鉴别，多示慢性胃窦炎和十二指肠球炎但无溃疡。
3.胃泌素瘤 亦称卓-艾综合征，是胰腺δ细胞分泌大量胃泌素所致。诊断要点是：①BAO>15mmol/h，BAO/MAO>0.6;②X线检查示非典型位置溃疡，特别是多发性溃疡;③难治性溃疡，易复发;④伴腹泻;⑤血清胃泌素增高>200pg/ml(常>500pg/ml)。
4.胃溃疡恶变或胃癌 最重要的鉴别诊断方法是胃镜加活检和钡餐检查，胃镜检查时需作活检，明确良恶性。对于胃溃疡需行胃镜检查加活检连续追踪观察。
5.胃黏膜脱垂症间歇性上腹痛，制酸剂不能缓解，而改变体位如左侧卧位可能缓解。胃镜、钡餐可以鉴别。X线钡餐检查可显示十二指肠球部有“香蕈状”或“降落伞状”缺损阴影。
6.其他 另外并发大出血时还需与门脉高压症所致的食管胃底静脉破裂出血相鉴别。并发穿孔时还应与各种常见急腹症相鉴别，如胰腺炎、阑尾炎、胆道疾患、肠梗阻等等。
