根据血栓闭塞性脉管炎的病史特点，诊断中应与下列疾病进行鉴别。
1.动脉硬化闭塞症 本病多见于50岁以上的老年人，往往同时伴有高血压、高血脂及其他动脉硬化性心脑血管病史(冠心病、脑梗死等)，病变主要累及大、中动脉，如腹主动脉、髂动脉、股动脉等，x线检查可见动脉壁的不规则钙化，血管造影显示有动脉狭窄、闭塞，伴扭曲，成角或虫蚀样改变。
2.急性动脉栓塞 起病突然，既往常有风湿性心脏病伴房颤史，在短期内可出现远端肢体苍白、疼痛、无脉、麻木、麻痹。血管造影可显示动脉连续性的突然中断，而未受累的动脉则光滑、平整，同时，心脏超声还可以明确近端栓子的来源。
3.多发性大动脉炎 多见于青年女性，主要累及主动脉及其分支动脉，包括颈动脉、锁骨下动脉、肾动脉等，表现为动脉的狭窄或闭塞，并产生相应的缺血症状。同时在活动期可有红细胞沉降率增快，并有其他风湿指标异常。
4.糖尿病性坏疽 应与血栓闭塞性脉管炎晚期出现肢端溃疡或坏疽进行鉴别，糖尿病者往往有相关病史，血糖、尿糖升高，而且多为湿性坏疽。
5.雷诺症 多见于青年女性，主要表现为双上肢手指阵发性苍白、发紫和潮红，发作间期皮色正常。患肢远端动脉搏动正常，且鲜有坏疽发生。
6.自身免疫病 首先是与crest综合症及硬皮病象鉴别，这2种疾病均可引起末梢血管病变，但同时有皮肤的病理改变，血清中scl-70及抗着丝点抗体呈阳性，结合指(趾)甲黏膜的微循环变化，可予以鉴别。其次是与sle，类风湿关节炎及其他全身性风湿系统疾病引起的血管炎相鉴别，主要通过病史采集、一些特征性实验室检查及组织活检来鉴别。
7.结节性动脉周围炎 本病主要侵犯中、小动脉，肢体可出现类似血栓闭塞性脉管炎的缺血症状。其特点是：病变广泛、常累及肾、心等内脏，皮下有循动脉排列的结节，常有乏力和发热红细胞沉降率增快。血液检查呈高球蛋白血症(α和α2)。确诊需做活组织检查。 8.特发性动脉血栓形成 甚少见，多并发于其他疾病，如全身性红斑狼疮，结节性动脉周围炎，类风湿性关节炎等结缔组织性疾病或红细胞增多症等。也可发生在手术或动脉损伤后。发病较易引起广泛性坏死。
9.其他非血管性疾病 如冻伤、平底足、痛风、神经营养性溃疡，坐骨神经痛、关节炎、末梢神经炎等也应注意鉴别。
