有蛋白电泳的高分辨率和抗原抗体反应的特异性，在临床具有广泛的应用。
1、单克隆免疫球蛋白增殖病：是以单一克隆的浆细胞过度增高为特征，常常导致某种免疫球蛋白或免疫球蛋白亚单位大量合成而其他正常免疫球蛋白水平下降。免疫化学方法能够对异常蛋白定量，而电泳分析能够确定这些蛋白质的单克隆属性。
2、本周氏蛋白和游离轻链病：本周氏蛋白是没有与免疫球蛋白分子中重链结合的单克隆κ或λ轻链。免疫固定电泳来确定本周氏蛋白的存在形式。轻链病是指仅产生κ或λ单克隆轻链，在尿中称为本周氏蛋白的疾病，轻链病包括10％－15％的单克隆免疫球蛋白病，它多出现在IgG骨髓瘤（60％）和IgA骨髓瘤（16％）病中。
3、重链病：是以免疫球蛋白重链部分存在的单克隆蛋白为特征。
4、多克隆免疫球蛋白病：主要为γ蛋白区宽的条带，多见于炎症或感染和胶原病。
5、肾脏病变的来源分析：尿免疫蛋白电泳可以很好地协助临床判断肾脏的主要损伤（肾小球和肾小管）及尿蛋白选择程度的估计，选择性和非选择性蛋白尿。指导治疗和判断预后有价值
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