脑干肿瘤的预后与许多因素有关。肿瘤的部位、病理性质、治疗选择等因素与预后有一定关系。中脑区肿瘤相对好于脑桥肿瘤；Ⅰ～Ⅱ级星形细胞瘤预后优于多形性胶质母细胞瘤。CT扫描表现为Ⅰ型者预后较好，Ⅲ型预后差。肿瘤大小亦与预后有关，肿瘤越大，预后越差。根据脑干肿瘤的手术经验表明：

　　1.脊髓延髓肿瘤、延髓脑桥下部胶质细胞瘤的成人患者 手术效果差，术后病死率高，术前及术后的神经功能障碍（如呼吸、吞咽困难等），迫使长期要为患者维持人工呼吸。虽然如此，也不能有效地挽救患者的生命。

　　2.脑干上段肿瘤的患者 术后效果较好，且长期生存率高，可能由于中脑肿瘤多为良性型之故。

　　3.恶性肿瘤 术后效果较良性肿瘤明显的差，而胶质细胞瘤（Ⅳ级）患者术后生存期一般不超过6个月。

　　4.膨胀（局灶）型肿瘤 术后效果最好。

　　5.成人患者的手术危险性比儿童大。

　　6.随访（6个月～9年）的资料显示，脑干上段肿瘤的复发率为6%，而脑干下段肿瘤的复发率为21%。